مناطق آزاد کشور در توسعهٔ اقتصادی و تجاری و همچنین روابط بین‌المللی و منطقه‌ای و فرامنطقه‌ای نقش تأثیرگذاری دارند. همچنین مناطق آزاد در قوانین، مرامنامه و اساسنامهٔ تشکیل خود برای تسهیل در سرمایه‌گذاری‌های داخلی و خارجی، صادرات و واردات کالا و همچنین معافیت مالیاتی مطابق با استانداردهای بین‌المللی و دیگر مشوق‌های قانونی و کاهش عملیات غیرضروری اداری، گمرکی و… تأسیس شده‌اند و اساساً ماهیت تسهیل و همکاری گرایانه ی رقابتی در اقتصاد و تجارت بین‌المللی، منطقه‌ای و محلی دارند.

تلاش برای ایجاد فهم و درک مشترک همه از جمله مدیران بخش دولتی و کنشگران اقتصادی و تجاری خرد و کلان و حتی مردم از کارکرد، مأموریت و فلسفهٔ وجودی مناطق آزاد باید به استراتژی مهم و اساسی تبدیل گردد.

این استراتژی می‌بایست در همهٔ ابعاد از جمله وجود قوانین کارآمد و مطابق با استانداردهای بین‌المللی، تبلیغات به صور مختلف، اخبار، تحلیل‌ها، گزارش‌ها و برون‌دادهای مختلف و متنوع در ارتباط با ظرفیت‌ها و پتانسیل‌های مناطق آزاد کشور موردتوجه جدی دست‌اندرکاران امور قرار گیرد تا از نگاه‌های سلیقه‌ای و بخشی‌نگری در ارتباط با کارکرد و فلسفهٔ وجودی مناطق آزاد، در امان بماند.

صاحب‌نظران معتقدند که مناطق آزاد در همه جای دنیا موتور محرک همکاری‌های همگرایانه، رقابتی و تسهیل در امور سرمایه‌گذاری و اقتصادی و تجاری با قوانین و ضوابط استانداردهای ملی و بین‌المللی هستند و این قاعده بایستی در مورد مناطق آزاد ایران نیز مصداق داشته باشد. مأموریت اصلی مناطق آزاد کشور در چارچوب قانون و سیاست‌ها و همکاری‌های اقتصادی و تجاری بین‌المللی، فراملی و ملی و منطقه‌ای است.

باید متذکر شویم که دراین‌ارتباط متغیرهای داخلی و خارجی در روابط اقتصادی و تجاری بین‌المللی نقش‌آفرین‌اند و می‌توان ادعا کرد اگر دامنهٔ فعالیت مناطق آزاد در ایران نسبت به سایر مناطق آزاد در کشورهای همسایه و دور و نزدیک فاصلهٔ معناداری دارد، یکی از دلایل مهم آن عدم وجود برخی قوانین لازم و همچنین عدم فهم مشترک از کارکرد مناطق آزاد در ایران در بین برخی مسئولان دولتی، کنشگران اقتصادی بخش خصوصی و حتی در میان افکار عمومی است و این دلایل و دلایل دیگر ازاین‌دست باعث شده‌اند تا مناطق آزاد در ایران در قیاس با برخی مناطق آزاد کشورهای همسایه، راه زیادی را تا رسیدن به موفقیت در پیش داشته باشند.

باتوجه‌به تمام این موانع و مشکلات و چالش‌ها، هم اکنون بخشی از سرمایه‌گذاری، تولید کالاها، صادرات و واردات کالاهای مختلف ایران از طریق مناطق آزاد موجود در اقصی‌نقاط کشور صورت می‌گیرد، در واقع مناطق آزاد کشور به‌عنوان دروازه‌های مهم تجارت بین‌المللی و همکاری‌های منطقه‌ای و فرامنطقه‌ای ایران محسوب می‌شوند.

هم اکنون مناطق آزاد چابهار، قشم، اروند، ارس، انزلی، ماکو و… در صورت وجود بسترهای لازم و موردنیاز مکان‌های مناسبی را برای تجارت دریایی، زمینی و ریلی در اقصی‌نقاط کشور ایجاد کرده و کانون‌های همکاری و همگرایی با مناطق آزاد سایر کشورهای دنیا و منطقه تبدیل شده‌اند که با تجدیدنظر و روزآمدکردن برخی فرایندهای قانونی و ضوابط و بخشنامه‌های غیرکارشناسانه مختلف عملکردی مناطق آزاد کشور، این مناطق می‌توانند خیلی بیش از گذشته بازارهای بسیار خوبی برای صنایع مختلف، از جمله صنایع نوپا و روبه‌رشد ایران باشند و باتوجه‌به مزیت‌های متنوع و مختلف اقتصادی و تجاری، می‌توانند کمک‌حال اساسی برای فرایند توسعه، اقتصاد ملی، محلی و منطقه‌ای باشند.

ولی به نظر می‌رسد به دلیل وجود برخی قوانین و نگاه‌های غیرکارشناسانه در ارتباط با بحث کارکرد و برندسازی، تبلیغات، فرهنگ‌سازی و اصلاح روش‌های غیر مدرن و…برای ایجاد دامنهٔ وسیع فهم مشترک از کارکرد و تأثیرگذاری اساسی مناطق آزاد، این مناطق هم اکنون با چالش‌های جدی در برخی برنامه‌ریزی‌ها و تأثیرگذاری کیفی در عملکرد مواجه گردیده است که ضرورت دارد تا دولت ، کارشناسان، تصمیم‌سازان و تصمیم‌گیران برای رفع مشکل وجود برخی قوانین غیرکارشناسانه و غیرمفید و حل چالش عدم وجود فهم مشترک از کارکرد کیفی مناطق آزاد، اقدامات لازم را انجام دهند.

صاحب‌نظران معتقدند، باید نگاه‌های حرفه‌ای‌تر و کارسازتری به برخی شیوه‌ها و روش‌ها برای رسیدن به فهم مشترک کیفی‌تر در کارکرد مناطق آزاد در چارچوب‌های عملکردی این مناطق بکار گرفته شود تا اثرگذاری آنها بر اقتصاد ملی و بین‌المللی بیش‌ازپیش شود.

موانع موجود در مأموریت اصلی و اولیهٔ مناطق آزاد تجاری و صنعتی ایران:

__وجود دبیرخانه و عریض‌وطویل با بوروکراسی حجیم و طویل و فراری دهندهٔ سرمایه‌گذاران در شورای‌عالی مناطق آزاد کشور که در حد یک وزارتخانه است.

__وجود و تحمیل برخی قوانین، مقررات، ضوابط و بخشنامه‌های غیراستاندارد و غیرکارشناسانه در مغایرت با قانون چگونگی ادارهٔ مناطق آزاد کشور در زمینه مباحث گمرکی و معافیت‌های مالیاتی و…

__تلاش برخی برای محدودکردن دامنهٔ عملکرد قانونی و اقتصادی مناطق آزاد کشور

__عدم وجود قوانین جامع که قابلیت اجرایی و عملکردی مناطق آزاد کشور را کیفیت و کمیت ببخشد و در جذب سرمایه‌گذاران توانمند و کارساز باشد

__ وجود برخی احکام کندکنندهٔ فعالیت‌های مناطق آزاد و صادره از سوی دیوان عدالت اداری

__معرفی نادرست مناطق آزاد کشور به‌عنوان مراکز قاچاق توسط برخی

__عدم تلاش کافی دولت‌های مختلف در سرمایه‌گذاری دولت در ایجاد زیرساخت‌های مختلف در مناطق آزاد

__دست‌اندازی برخی دستگاه‌های حاکمیتی کشور به قوانین مناطق آزاد

__برخوردهای سیاسی و جناحی با مناطق آزاد کشور و عدم حمایت از برنامه‌ها و طرح‌های جامع .

راهکارها برای ساماندهی مشکلات موجود بر سر راه مناطق آزاد کشور

__ضرورت دارد تا دولت برای لغو مصوبهٔ مجلس در خصوص الحاق دبیرخانهٔ شورای‌عالی مناطق آزاد کشور به وزارت اقتصاد و دارایی، جدیت به خرج دهد تا اهمیت وجود مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کشور در چارت‌های اداری بهتر دیده شود.

__ دولت تلاش نماید تا معاونت ریاست‌جمهوری را بجای دبیر شورای‌عالی مناطق آزاد جایگزین کند.

__دولت اقدام کند تا برخی قوانین، بخشنامه‌ها و دستورالعمل‌های دستگاه‌های دولتی و حاکمیتی که با قانون چگونگی ادارهٔ مناطق آزاد کشور مغایرت دارد، ابطال نماید.

__دولت تلاش کند تا مقاومت برخی وزارتخانه‌ها در تفویض اختیارات خود در مناطق آزاد کشور را از بین ببرد

__بروکراسی فشل‌کننده و پردامنهٔ دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد کشور که در حد یک وزارتخانه شده است، کاهش یابد تا روند انجام کارها برای سرمایه‌گذاران و فعالین اقتصادی روان‌تر گردد.

__ مدیریت در مناطق آزاد بنا بر ویژگی‌های ارتباط با محافل بین‌المللی اقتصادی، تجاری و سرمایه‌پذیری بالاتر از ظرفیت وزارت اقتصاد و دارایی است

یکی دیگر از چالش‌های مناطق آزاد کشور ، بحث انتخاب مدیران  است که به نظر می‌رسد به علت قرارگرفتن مجموعه‌ای بزرگ مانند مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و تجاری در زیر مجموعهٔ وزارت اقتصاد و عدم اشراف مدیران این وزارتخانه به فلسفه ی وجودی مناطق آزاد ،تعیین مدیر ان  برای آنها می باشد.

هم اکنون عمده مناطق  با این مشکل دست‌به‌گریبان هستند و با کمال تأسف کسانی معرفی  می‌شوند که به‌جرات می‌توان ادعا کرد که از مأموریت‌های گسترده و فلسفهٔ وجودی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و تجاری کمترین آشنایی را دارند.

مناطق آزاد تجاری و صنعتی ایران یکی از مجاری ارتباط اقتصاد ملی با اقتصاد جهانی است و مدیریت در این مناطق از حساسیت و ظرافت خاصی برخوردار است ونمی توان سکان هدایت آن را دست هر شخصی داد.

نگاه سیاسی، جناحی و رفاقتی بدون تدبیر و عقلانیت سم مهلک مناطق آزاد است که ضرورت دارد تا از آن پرهیز شود و از دانایان و کاربلدان در این حوزه که کم هم نیستند به‌خوبی استفاده شود.