دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد که پیش از این مسئولیت سیاست گذاری و نظارت کلان را بر عهده داشت ازین پس تنها به نقش پایش و ارزیابی محدود خواهد شد. دبیر خانه ای که در پیشبرد امورات سازمان های مناطق آزاد  با دخالت و موازی کاری سایر وزارتخانه ها و دستگاههای اجرایی نظیر گمرک، بانک مرکزی، وزارت اموراقتصاد و دارایی، سازمان برنامه و بودجه و سایر دستگاههای نظارتی روبرو بود و دست و پنجه نرم  میکرد امروز دیگر از این نقش خارج شده و سازمان های مناطق آزاد عملا خود با چنین چالش هایی روبرو خواهند بود. سازمان های مناطق آزاد نیز که اغلب در تضاد با ساختارهای متمرکز دولت مرکزی و گاهی استانداری ها و مقامات محلی قرار دارند و نبود تعریف مشخص از قلمرو و حاکمیت قانونی مناطق آزاد به منازعات حقوقی و اجرایی منجر شده در نهایت  مانع از یک نظام مدیریتی یکپارچه و کارآمد می شود و سرمایه گذاران را با دوگانگی در قوانین و رویه ها مواجه می سازند. به نوعی عدم یکپارچگی در حکمرانی و نبود راهبرد ملی منسجم و مواجهه مستقیم سازمان های مناطق آزاد با این موضوع نیز محل بحث خواهد بود. در واقع کاهش نقش دبیرخانه ای که حداقل در یکی دو سال اخیر با حضور مدیران قاطع توانسته بود بخش مهمی از مشکلات مناطق آزاد مانند مالیات ستانی و چالش هواپیمایی کیش ایر را حل نماید عملا از گردونه خارج شد و نقشی کاهش یافته پیدا کرد و باید منتظر ماند و دید که آیا سازمان های مناطق آزاد راسا می توانند چنین بحث هایی را در حاکمیت کلان به پیش ببرند یا خیر!

در تعریف کارکرد «مگاپروژه تحول و بازآفرینی مناطق آزاد» یکی محورهای اصلی این مگاپروژه عبارت است از تخصصی‌سازی و مأموریت‌گرایی که بر اساس آن هر منطقه آزاد باید بر اساس مزیت‌های بومی خود متمرکز شود.  تقویت حکمرانی محلی بعد دیگری از این پروژه تحولی است که پس از تصویب برنامه‌های توسعه، اجرای کامل به عهده سازمان منطقه آزاد گذاشته می‌شود و دبیرخانه تنها نقش نظارتی و حمایتی خواهد داشت.اصلاحات مقرراتی یکی دیگر از ویژگی‌های الگوی جدید مدیریتی است که لغو بخشنامه‌های مزاحم، تسهیلات ارزی و بانکی، و کاهش بوروکراسی برای احیای روح قانون مناطق آزاد را دنبال می‌کند.مشارکت حداکثری بخش خصوصی با جذب سرمایه‌گذاری واقعی، مولدسازی دارایی‌ها و الگوگیری از تجربیات موفق جهانی با تطبیق بومی نیز در الگوی جدید دنبال می‌شود تا در نهایت تبدیل مناطق آزاد به موتور محرک توسعه، صادرات و نوسازی اقتصادی پساجنگ محقق شود.همه اینها در جای خود بسیار مهم و خوب ارزیابی می شود اما کالبد شکافی چالش های چند وجهی مناطق آزاد از موانع ساختاری و نهادی گرفته تا تنگناهای اقتصادی، کمبودهای زیرساختی و پیامدهای منفی اجتماعی و زیست محیطی به یک ریشه مشترک اشاره دارد و آن بحران در الگوی حکمرانی و انتصاب مدیران کارآمد در مناطق است.

چالش های ساختاری و نهادی حکمرانی در مناطق آزاد ایران نه تنها ماهیتی عمیق و ریشه دار دارند بلکه به دلیل پیچیدگی و ارتباط متقابل با یکدیگر حل و فصلشان نیازمند رویکردی جامع و اراده ملی است. شناسایی دقیق این موانع گام نخست در جهت تدوین راهبردهای کارآمد برای تحول بنیادین در این مناطق است. به نظر می رسد بدون اصلاحات ساختاری و نهادی اساسی مناطق آزاد ایران قادر به ایفای نقش واقعی خود به عنوان موتورهای پیشران توسعه اقتصادی نخواهند بود و تغییر تفکرات مدیریتی حاکم نیز بخشی جدایی ناپذیر از کار آمدی آن است.

با الهام از کتاب الگوی حکمرانی مناطق آزاد