اما توسعه‌ی متوازن و پاسخگو به تحولات سریع چنددهه اخیر، نیازمند حرکت فراتر از طرح مادر بود و همین ضرورت، راه را برای تدوین طرح‌های موضعی و موضوعی گشود؛ طرح‌هایی که یکی بر توسعه پایدار سواحل و حفاظت از اکوسیستم‌های مرجانی تمرکز داشت، دیگری به تحول محدوده‌های ویژه گردشگری (مانند شهرک صدف و سواحل اختصاصی) پرداخت، و شماری به تفضیل شبکه حمل‌ونقل، بنادر جدید، فرودگاه، و حتی جزئیات سازماندهی پسماند و منابع آب در شرایط رشد جمعیت و گردشگر اشاره کرد . همین طرح‌های موضوعی و موضعی بودند که به برنامه‌ریزان کیش امکان دادند هر زمان با چالش یا تهدید جدیدی – رشد بی‌رویه سرمایه‌گذاری بخش خصوصی در مناطق حساس زیستی، تمرکز بر گردشگری کم‌دوام یا حتی بحران‌های محیطی – روبه‌رو شدند، بازنگری علمی و سریع در روند توسعه انجام دهند و سیاست‌های اجرایی متناسب با نیاز روز وضع کنند.

مطالعه تطبیقی عملکرد طرح جامع و زیرمجموعه‌هایش نشان می‌دهد بزرگ‌ترین نقش مدیریتی این اسناد، تضمین توازن بین توسعه فیزیکی-اقتصادی جزیره و حفاظت از پایداری اکولوژیک و اجتماعی آن بوده است. اگرچه فشارهای بیرونی اعم از جذب سریع سرمایه‌گذار، رقابت منطقه‌ای میان مناطق آزاد و بعضاً ناهماهنگی اجرا، گاه طرح مادر را به چالش کشیده است، اما وجود بستر اسنادی و ساختار تفصیلی برای بازطراحی سیاست‌ها همواره امکان مهار روندهای شتاب‌زده یا ضدپایدار را ایجاد کرده است.برای نمونه، مدیریت ریسک‌های زیست‌محیطی و حفاظت از تنوع زیستی سواحل و آبسنگ‌های مرجانی، کاملا در اسناد موضوعی محیط‌زیست کیش لحاظ شد و توانست تعادلی میان سودآوری اقتصادی و الزام به حفاظت ایجاد کند.

از زاویه مدیریت شهری و حکمرانی محلی، باید تاکید کرد که طرح جامع کیش، اگرچه همواره بر سر اهداف کلی توسعه برون‌زا و جذابیت بازاری خود تاکید داشته، اما در اجرای عملی پروژه و اولویتگذاری‌ها، ناگزیر به استفاده از اسناد موضعی و موضوعی برای تامین نیازهای خاص و اقتضایی جزیره شده است. مثلاً در برابر رشد بی‌رویه ساخت‌وساز در سواحل، مطالعات و مداخلات موضعی سبب شد ساخت‌وساز کنترل شود و از آشفتگی کالبدی و لطمه به سرمایه‌های طبیعی پیشگیری گردد. همچنین توسعه زیرساخت‌های درمانی ویژه (گردشگری سلامت) یا بازآفرینی بافت‌های بومی برای جذب گردشگر فرهنگی از دل طرح‌های موضوعی شکل گرفت و توانستند ضمن تنوع‌بخشی به الگوی جذب سرمایه و گردشگر، از تک‌بُعدی‌شدن اقتصاد جزیره و وابستگی بیش از حد به تنها یک زیرحوزه جلوگیری کنند .

در جمع‌بندی می‌توان گفت طرح جامع و طرح‌های موضعی و موضوعی، نه صرفاً ابزاری برای ساماندهی کالبدی، بلکه شالوده‌ای راهبردی برای افزایش تاب‌آوری جزیره کیش در برابر شوک‌های اقتصادی، سرمایه‌گذاری، محیطی و حتی اجتماعی بوده‌اند. موفقیت نسبی کیش، در مقایسه با بعضی مناطق آزاد دیگر ایران که فاقد چنین اسناد و پیوستگی‌های راهبردی و اجرایی بوده‌اند، خود شاهدی بر نقش بنیادین این رویکرد است. با این حال، همواره پایداری اثربخشی این اسناد نیازمند بازنگری پیوسته، مشارکت ذی‌نفعان، شفافیت در سیاست‌گذاری و انعطاف‌پذیری علمی در برابر چالش‌های نوظهور است. تجربه کیش نشان می‌دهد که حتی در بستر فشار شدید سرمایه‌گذاری، اگر طرح جامع به‌درستی به‌روزرسانی و اجرا شود و اسناد موضعی و موضوعی دقیق و بهنگام همراه برنامه باشند، تحقق توسعه پویا و پایدار در مناطق خاص ایران ممکن است و الگویی الهام‌بخش برای سیاست‌گذاران سایر مناطق به حساب می‌آید.